La Editorial FLACSO Ecuador publica la producción de la comunidad académica de la Facultad Latinoamericana de Ciencias Sociales, además de obras científicas externas a la sede Ecuador. El sello FLACSO agrupa sus libros arbitrados en tres series: Atrio, Foro y Cuadernos de trabajo. En 2017 se inauguró Yedra, una serie dedicada a la divulgación científica. Varias publicaciones aparecen en coedición con otras editoriales universitarias. Sus libros circulan en formato impreso y digital. Hasta inicios de 2017, la editorial publicó las mejores tesis de maestría de estudiantes de la Facultad.